Descrizione
La chiesa, era in origine intitolata solo a San Prospero ed è citata per la prima volta in un documento del 1134. Ampliata nel XIII e XIV secolo, mantenne tuttavia l'impianto a navata unica. Dopo la soppressione della congregazione senese dei Sacri Chiodi di Siena (1666) fu affidata alla Congregazione dell’ Oratorio di San Filippo Neri e in quella occasione al titolo originario venne aggiunto anche quello di San Filippo.
Tra il maggio del 1622 e la primavera dl 1623, grazie all’opera di mecenatismo di Girolamo di Taddeo Rospigliosi, l’interno della chiesa subì una radicale trasformazione, ad opera dell’architetto Leonardo Marcacci e del maestro Domenico Marcacci. Nella prima e terza campata, furono inseriti in momenti diversi i quattro altari laterali in pietra serena. Nella campata attigua al presbiterio, troviamo a destra l’ altare Pappagalli con L’Orazione nell’ orto e a sinistra quello Tani con l’Andata al Calvario, entrambe le tele sono di Jacques Bilivert.
Gli altri due altari sono compresi tra le porte laterali e la controfacciata, a destra l'altare Rossi con La Flagellazione di Giovanni Lanfranco, a sinistra l'altare Balocchi con L' Incoronazione di spine di Rutilio Manetti. Sulla parete di fondo c' è la Crocifissione di Giovan Battista Ghidoni.
Nel 1722, il cardinale Carlo Agostino Fabroni dispose per la sopraelevazione della chiesa allo scopo di realizzare il vano della biblioteca che da lui prende il nome. Nello stesso periodo fu completata la facciata dell’intero edificio, su disegno dell’architetto Giovan Battista Foggini.
Per la decorazione pittorica degli interni furono chiamati il fiorentino Giovan Domenico Ferretti e i quadraturisti Lorenzo del Moro e Pietro Anderlini, che affrescarono la volta, la cupola e le pareti della chiesa.
Nel 1749 fu costruita la casa canonica. L'oratorio della Compagnia di S. Antonio Abate, annesso alla chiesa, fu anche questo riammodernato durante i lavori di costruzione della biblioteca Fabroniana. Lo stuccatore Bernardino Cremona, che aveva decorato scalone e atrio della biblioteca, si occupò della decorazione interna dell' oratorio, compreso l'altare che ospita una tela raffigurante La Pietà di Pietro Marchesini.
La comunità dei padri dell’Oratorio fu soppressa nel 1810, durante il periodo napoleonico, da quel momento la cura d’anime fu affidata ad un sacerdote secolare.
