Descrizione
La chiesa presenta un interno ornato e arredato, dopo la morte del Silvani, sotto la direzione di Gioacchino Fortini (1715): sue sono le architetture barocche dell'abside e degli altari, nonché le statue del presbiterio raffiguranti la Carità e la Purezza e i primi due bassorilievi con episodi della vita di san Filippo. Marmi, sculture, rilievi, affreschi e tele (opere di Giuseppe Pinzani, Alessandro Gherardini, Antonio Puglieschi, Matteo Bonechi, Anton Domenico Gabbiani) rispondono a un disegno unitario, così da rendere la chiesa una sorta di galleria dell'arte fiorentina del Sei-Settecento.
L'altare maggiore è di Zanobi del Rosso, mentre due altari laterali sono di Antonio Montaiuti. Al centro del soffitto a cassettoni è la tela di Giovanni Camillo Sagrestani, la Gloria di san Filippo Neri (1715). Nella semicupola dell'abside il grande affresco di Niccolò Lapi raffigurante la Santissima Trinità con apostoli e santi fiorentini. Nella cappella del Sacramento (di Zanobi del Rosso, 1776) si trova la tomba di Piero Bini, sacerdote fiorentino, che istituì la congregazione fiorentina dei Filippini. All'altare una madonnina di Carlo Maratta e una tavola attribuita a Giovanni Stradano; nella cupoletta affreschi di Luigi Sabatelli e figli.
L'oratorio, a destra del complesso, già utilizzato come aula del Tribunale (nel soffitto affresco con l'Assunzione della Vergine di Giuliano Traballesi, del 1775), è circondato all'interno da palchi nelle esedre e lungo le pareti laterali, sostenuti da eleganti colonne in stile ionico. Si tratta di cantorie che ricordano la principale funzione dell'ambiente, dove i padri Filippini si dedicavano soprattutto al canto delle laudi. L'oratorio era dunque una sorta di auditorium per la musica sacra che, secondo i precetti di san Filippo Neri, costituiva un'occupazione primaria dei padri, che per questo furono detti anche "oratoriani".